Desde el punto de vista organizativo, el Colegio San Agustín de Concepción depende de la Fundación Educacional Santo Tomás de Villanueva. Su representante legal es el Rector (a), que, a su vez, es asesorado por un Consejo de Dirección, integrado por los encargados de la Dirección de Administración y Finanzas, Dirección Académica, Dirección de Orientación y Dirección de Pastoral. Además, existe un Comité Paritario, un Comité de Emergencia, un Consejo Escolar, un Centro General de Padres y Apoderados y un Centro de Estudiantes.
La Dirección de Administración y Finanzas está integrada por las unidades de Contabilidad, de Prevención de Riesgos y Salud, de Recursos Humanos, y por la unidad de Servicios.
La Dirección Académica está integrada por las Coordinaciones de Preescolar y Ciclo Básico y de Ciclo Medio. De esta Dirección dependen los Departamentos de Asignaturas y Consejo Académico, el Consejo de Profesores, los Centros de Recursos para el Aprendizaje (CRA), el Programa de Integración Educativa (PIE), la Informática Educativa, el Encargado de Deportes y el Centro de Multicopiado.
La Dirección de Orientación está integrada por las unidades de Convivencia Escolar y Orientación.
Por último, la Dirección de Pastoral está integrada por las unidades de Formación y Liturgia.