El terremoto que asoló la región de Concepción el 24 de enero 1939 destruyó la Iglesia San Agustín de Concepción y dejó a la ciudad en ruinas y sin escuelas. Esto llevó al padre Francisco Ramírez, de la Orden San Agustín, a fundar una escuela, cuyo primer curso estuvo formado por 15 alumnos y funcionó en una sala provisoria en el mismo convento.

Al año siguiente, en 1940, la escuela fue reconocida como cooperadora del Estado y tomó el nombre de Escuela Particular N°13 San Agustín, funcionando en Cochrane Nº 951. En 1950, se construyeron algunas salas de madera más. En 1975, se vuelve a ampliar, pero esta vez con material sólido, en un local definitivo (Tucapel 217) y con ocho salas. En 1984, fue inaugurado el gimnasio y un bloque de cuatro pisos con salas de clases. En 1990, se bendicen las nuevas instalaciones de otro pabellón de clases.

En el año 2009 asume la actual rectora, Sra. Paulina Bellolio Olivieri, y el mismo año el Colegio obtiene el Sello de Certificación que acredita la Gestión Escolar de Calidad, otorgado por el Consejo Nacional de Acreditación.

El 27 febrero de 2010, nuestra región se vio afectada nuevamente por un terremoto de grandes dimensiones, lo que llevó al Colegio a solucionar a la brevedad los problemas de infraestructura que se presentaron a causa de esta catástrofe natural, pues debía acoger a sus propios alumnos y a los del colegio Madres Dominicas, que perdió por completo sus dependencias. De esta forma, la comunidad del Colegio San Agustín pudo vivenciar los valores de la solidaridad, la comunidad, la fraternidad y el servicio a los demás.

Un elemento relevante de estos dos últimos años es la confección del PEI, que se inició después de la Certificación del año 2012. Los hechos más importantes son la confección de una Visión y Misión, redacción de los Objetivos Estratégicos, un nuevo organigrama, y la definición de los Perfiles de Competencia, para todo el personal y las pautas de evaluación de los mismos.